In mei 2019 is een groot restauratie- en herinrichtingsproject van de Grote Kerk op de Markt gestart. De kerk is sinds 2017 eigendom van de Stichting Oude Gelderse Kerken. Samen met de Stichting Grote Kerk Wageningen en andere betrokkenen wordt eraan gewerkt om de kerk een samenbindende plaats en functie te geven in de Wageningse samenleving.
De restauratiewerkzaamheden zijn zo goed als afgerond. De meeste kerkbanken zijn weggehaald. Er staan nog een paar rijen onder het orgel en ook de banken op het zuiderbalkon blijven. Het balkon aan de noordzijde is verdwenen.
Op 1 september is de kerk weer functioneel. Dan kan de protestantse gemeente Wageningen er weer gebruik van maken voor vieringen. De algemene Kerkenraad wil de kerk op een feestelijke manier weer in gebruik nemen. Er wordt nog over nagedacht in welke vorm dat in deze coronaperiode mogelijk is.