De Grote Kerk op de Markt ondergaat momenteel een grote renovatie. Opdrachtgever is de Stichting Oude Gelderse Kerken. In 2017 heeft de Protestantse gemeente Wageningen het kerkgebouw overgedragen aan deze stichting die het doel heeft om het religieus erfgoed te behouden. De Grote Kerk heeft een monumentale status, dat brengt behoorlijk zware verplichtingen met betrekking tot het onderhoud met zich mee. De protestantse gemeente wil het geld liever voor andere zaken beschikbaar houden dan voor gebouwen en daarom is besloten de kerk af te storen. Voor de vieringen wordt de kerk sindsdien gehuurd.
In Wageningen is voor de exploitatie van het kerkgebouw de Stichting Grote Kerk Wageningen opgericht, die de kerk in de toekomst ook voor activiteiten als concerten en exposities wil benutten. Om het monumentale gebouw voor de toekomst te kunnen behouden, met een gezonde exploitatie wordt een renovatie noodzakelijk geacht. Zowel het interieur als de buitenkant van de kerk wordt aangepakt. De werkzaamheden gaan tot ver in 2020 duren.
De renovatie van de Grote Kerk heeft gevolgen voor vieringen van verschillende gemeenten. De vieringen op zondagochtend van de wijkgemeente Johannes van de protestantse gemeente vinden nu net als de avondviering plaats in de Vredehorst in de Tarthorst. De aanvang in de ochtend is 9.30 uur en de avondviering is om 18.30 uur. Het gevolg daarvan is dat de bijeenkomst en viering van de Amazing Grace Parish in de Vredehorst niet meer op de zondagochtend plaatsvindt, maar pas vanaf 12.00 uur begint. De wijkgemeente Lukas van de protestantse gemeente organiseert eenmaal per maand een bijzonder vesper om 17.30 uur op de zondagmiddag. Dat vond steeds plaats in het koor van de Grote Kerk, maar zal de komende tijd in de Johannes de Doperkerk aan de Bergstraat worden gehouden.